754年，唐朝僧人鑒真和尚在屋島的北嶺建立普賢堂，在其中奉納了帶來的普賢菩薩像與佛教經典。之後，鑒真的弟子，即東大寺戒壇院的惠雲律師（律師為僧位之一）建設了堂塔。並修建了精舍，就任“屋島寺”的初代住持。
815年，弘法大師接受嵯峨天皇的命令而來到屋島寺，並將本在北嶺的伽藍遷移至現在所在的南嶺。雕刻了十一面千手觀音像，作為中心佛像進行安置。
天歷年間（947年~957年），明達律師（律師為僧位之一）奉納了四大天王像。現在的中心佛像——十一面千手觀音坐像便是此時建造的，已被指定為日本國家重要文化財產。
與觀音坐像共同評為日本國家指定重要文化財產的大殿建造於鐮倉時代。江戶時代因歷代藩主的援助而得到多次修繕。
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